Основная функция очистных сооружений — уменьшение числа загрязнений в сточных водах до такого уровня, когда можно будет их отводить в водоем или водопроницаемый грунт и не бояться загрязнения окружающей среды. Органические соединения, способные к загниванию, которые содержаться в сточных водах, в процессе очистки превращаются в инертные безвредные вещества. Помимо того, во много раз (до допустимого уровня) уменьшается число болезнетворных организмов. Так, сточные воды, прошедшие очистку прекращают быть источником заражения для окружающей среды. Но, все-таки, санитарные органы требуют постоянного обеззараживания данных вод во время их сброса в водоемы. Биоагены и обеспечивают биологическую очистку, а именно микроорганизмами и водорослями. Именно для них загрязнения сточных вод можно назвать источником питания, и в процессе жизнедеятельности биоагентов превратятся, как уже говорилось, в инертные вещества.
Производится принудительная очистка в конкретных установках, где будет создана среда с увеличенной концентрацией биоагентов, что даст возможность произвести интенсивную очистку сточных вод. Подобные установки очень компактны из-за высокой производительности, однако они нуждаются в затратах энергии при работе — процесс нуждается в подаче воздуха. Это очень сложный процесс, сложнее чем снять квартиры в Киеве посуточно. Потому их на практике не применяют для местных систем канализации , а принято использовать естественные системы очистки.
Как известно, то естественная система очистки сточных вод применяет самоочищающую способность грунта.